Guide d’utilisation des référentiels :

Les terminologies, jeux de valeurs et annuaires sont nécessaires au codage de certaines informations du set de données minimum maladies rares tel que spécifié dans le guide d’implémentation, nommé ci-après « Les référentiels de la BNDMR » :

Liste Organisme publiant Version Publication  
Les référentiels de la BNDMR BNDMR V1.2 10/07/2020  
Notice explicative BNDMR V3.00* 2019  

*Note : la notice explicative v3.00 publiée le 23/01/2019 ne contient pas de changements d’utilisation, il s’agit d’une précision du document précédent.

 

Jeux de valeurs et terminologies – versions 2020 :

Le tableau ci-dessous récapitule les nouvelles versions des référentiels utilisées par la BNDMR suite à la mise à jour 2020 (consultez les versions d’initialisation).

Versions et utilisation

Comme indiqué dans le document ci-dessus « Les référentiels de la BNDMR », les éditeurs sont encouragés à suivre cette mise à jour annuelle afin de mettre à disposition les nouvelles codifications à leurs utilisateurs (notamment Orpha).
A noter que pour les éditeurs n’ayant pas encore intégré dans leur fiche MR la version historiquement mise à disposition, il est possible d’initialiser les référentiels avec cette dernière version uniquement.

Il est important de ne pas prendre une version ultérieure dont les codes ne seraient pas encore connus de la BNDMR. Cela entrainerait un rejet technique lors de l’intégration (code non valide car non connu de la version utilisée par la BNDMR).

Il est préférable de récupérer les fichiers référentiel directement à la source; les fichiers mis à disposition ci-après le sont à des fins de comparaison dans le cas où il serait difficile d’établir précisément/d’obtenir la version de la source à utiliser.

Comme pour le chargement initial, les règles définies dans « Les référentiels de la BNDMR » doivent être implémentées (filtrages etc.).

Ces règles sont disponibles pour chaque référentiel dans le paragraphe correspondant de la section 5 « Spécifications fonctionnelle par référentiel », dans le flux de chargement B “Description du fichier source en fonctionnement courant” du référentiel concerné.

Mise à jour

Coté BNDMR, seuls des ajouts de codes ont été fait (parfois associé à un update de libellé). Cela signifie que l’ensemble des codes précédents restent utilisables, ainsi que les nouveaux codes de ces versions de référentiels.

Coté éditeurs, deux approches sont possibles concernant la montée de version :

  • Ajout des nouveaux codes uniquement (avec mise à jour éventuelle des libellés), de la même manière que la BNDMR
  • Bascule vers le nouveau référentiel : seuls les codes des dernières versions sont à disposition des utilisateurs
Référentiel bruts (penser à appliquer les règles de filtrage etc.) Date de téléchargement Date du fichier/de la version Source Nom du fichier émis par la source Licence
Source Orphanet
(UTF8)
14/11/2019 24/07/2019 Orphanet (Inserm) ORPHAnomenclature_fr.xml Creative Commons
Attribution-NoDerivs
Citation: Orphanet: an online rare disease and orphan drug data base. © INSERM 1997.
Available on
http://www.orpha.net
Accessed (date d’accès)
Médicaments orphelins 22/11/2019 22/11/2019 Agence européenne du médicament Medicines_output_
orphan_designations.xlsx
https://www.ema.europa.eu/en/human-regulatory/overview/orphan-designation-overview
CIM-10
(ANSI)
15/11/2019 01/10/2019 ATIH LIBCIM10MULTI.TXT https://www.atih.sante.fr/cim-10-fr-2016-usage-pmsi
HPO* 14/11/2019 08/11/2019 HPO hp.obo https://hpo.jax.org/
HGNC 15/11/2019 non indiqué HGNC / HUGO custom.txt (extrait du site web) https://www.genenames.org/about/
Pays 26/11/2019 05/03/2019 INSEE (liste des pays et territoire étrangers) pays2019.csv  
Communes (INSEE) 03/12/2019 01/01/2019 INSEE communes-01012019.csv Licence LO 2.0 
Communes (INSEE complément manuel pour les DOM-TOm) 03/12/2019 01/01/2019 INSEE commune2019COM.csv (généré par copier/coller du site web) Licence LO 2.0 

*avec le concours de l’équipe du CISMeF – traduction version bêta

 

Annuaires Maladies Rares :

ListeOrganisme publiantCodeOrganisme distributeurPériodicitéChamps SDM-MRVersion
Annuaire des sites Maladies Rares labellisés*Ministère de la SantéIdentifiant siteBNDMRVersion annuelleIdentifiant site (métadonnée)Août 2020 (correction mineure)
Annuaire des codes des hôpitauxBNDMRIdentifiant codes hôpitauxBNDMRVersion annuelleIdentifiant hôpital (métadonnée)Novembre 2018

*Mise à jour des sites MR 2020 : il ne s’agit que d’une mise à jour des attributs (notamment des médecins référents), aucun nouveau site n’est ajouté.

La spécification du SDM CDA MR est disponible sur cette page.

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Catalogues :

Les catalogues complètent les référentiels externes pour la codification de certains items du set de données minimum. Vous pouvez les télécharger ci-dessous (Catalogue.zip). Référez-vous également au fichier Excel complémentaire qui décrit les codes utilisés avec un libellé et une description.

FichierOrganisme distributeurPériodicitéVersion
Catalogue.zipBNDMRVersion annuelle2018
Mapping jeux de valeurs CDA – catalogues SDMBNDMRSelon CDA2020


Concernant l’utilisation des jeux de valeurs CDA et le lien avec ceux décrits par la BNDMR dans catalogue.zip, les éditeurs sont libres dans le choix de mapping qui leur semble le plus pertinent.

Le document Mapping jeux de valeurs CDA – catalogues SDM donne à titre indicatif la transformation qui sera réalisée par la BNDMR lors de l’intégration des fichiers reçus afin de revenir vers le catalogue BNDMR utilisé dans BaMaRa au 20/02/2020, pour la version 2.3 du CDA SDM-MR).